Mit der "Innovationsinitiative industrielle Biotechnologie" werden Wirtschaft und Wissenschaft aufgerufen, strategische Allianzen entlang von Wertschöpfungsketten zu bilden. Die strategischen Allianzen sollen dabei unter der Führung eines Unternehmens stehen. Ein entscheidender Aspekt einer strategischen Allianz ist die Verknüpfung von Partnern mit einer kohärenten Zielstellung. Innerhalb einer strategischen Allianz sollen modulartig aufeinander aufbauende Forschungs- und Entwicklungsprojekte definiert und realisiert werden.
Ziel der geförderten Projekte soll die Entwicklung innovativer Prozesse oder Produkte für industrielle Anwendungen unter Einsatz biotechnologischer Verfahren sein. Von besonderem Interesse sind industrielle Anwendungen, die mittelfristig durch biotechnologische Verfahren oder Produkte ersetzt werden können ("Biologisierung der Industrie").
Neben Branchen wie der Nahrungsmittel-, Chemie-, Papier- und Pharmaindustrie, in denen biologische Prozesse bereits eingesetzt werden, steht die Förderung grundsätzlich allen Industriezweigen offen.
Die "Innovationsinitiative industrielle Biotechnologie" stellt eine bundesweite Ausweitung der vorangegangenen Fördermaßnahme "BioIndustrie2021" dar, in der regionale Strukturen und Kompetenzen in der industriellen Biotechnologie geschaffen werden konnten. Neben technischen FuE-Vorhaben können auch umsetzungsfördernde Maßnahmen unterstützt werden.
Antragsberechtigt sind Unternehmen der gewerblichen Wirtschaft mit Sitz und Ergebnisverwertung in Deutschland. Innerhalb einer strategischen Allianz sind auch Universitäten, Fachhochschulen, außeruniversitäre Forschungseinrichtungen sowie Landes- und Bundeseinrichtungen mit Forschungsaufgaben antragsberechtigt.
An einer Förderung interessierte Allianzen können bis jeweils zum 1. Juni jeden Jahres bis 2015 eine Interessensbekundung abgeben und innerhalb der anschließenden 12 Monate eine vollständig ausgearbeitete Skizze einreichen. Nach der Begutachtung als positiv bewertete Allianzen werden aufgefordert, zu den einzelnen FuE-Projekten der Allianz förmliche Förderanträge vorzulegen.